使用冷藏车时，应该保持车厢内部的洁净。由于蒸发器风扇的作用，空气会在车厢内循环，导致地面的碎削或脏东西被蒸发器风机吸入。长时间的作用，会使大量的杂质吸入到蒸发器盘管内，从而影响制冷机组的制冷效果。因为盘管会被杂质一点点的包围起来，导致盘管的热交换率下降。所以冷藏车使用几年后大家会感觉制冷效果不如开始，除本身故障原因外，就是因为盘管太脏所致。
正确操作和使用冷藏车，是保证温控货物品质的关键。也是保证制冷设备能够正常工作的所在。货物的吨位、路况等，考虑底盘的结构和承载能力、节油性、排放标准等。跟选择普通货车底盘相比，冷藏车还需要重点考虑一下底盘的稳定性，冷藏车运输的货物一般都是不能长时间存放的物品，即使有制冷设备，仍需较快送达目的地。因此保证车厢里地面的洁净是保证制冷机组正常工作的关键。车门打开时应关闭冷冻机；尽可能缩短车门打开的时间；装卸货物时尽可能使用条形门帘。用隔板来分开干货（空栏筐）和易腐物品。为了保证车厢内的货物温度，对于市内配送车辆，建议使用条形门帘，以保证快速卸货时（在不关闭冷冻机组时），车厢内的冷气不会快速散失出去。不同温度的货物严禁存放在同一车厢空间内。应该用隔板分开摆放。由于冷冻机是用来维持货物温度，而不是降温用的，因此混装不同温度的货物，会影响物品的温度，导致货品质量受到影响。

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